Sei contagioso se hai un risultato del test PCR positivo per COVID-19?
Studi hanno fornito dati limitati di qualità variabile che è improbabile che i risultati della PCR di per sé possano prevedere la coltura virale da campioni umani. Se questo non viene compreso, i risultati della PCR possono portare a restrizioni per grandi gruppi di persone che non presentano un rischio di infezione.
Il rilevamento dei virus mediante PCR è utile fintanto che la sua accuratezza può essere compresa: offre la capacità di rilevare l'RNA in quantità minime, ma potrebbe non essere chiaro se quell'RNA rappresenti un virus infettivo.
Durante la nostra Open Evidence Review sulla trasmissione oro-fecale di Covid-19, abbiamo notato come pochi studi avevano tentato o segnalato la coltura del virus SARS-CoV-2 vivo da campioni umani.
Questo ci ha sorpreso, poiché la cultura virale è considerata un gold standard o un test di riferimento rispetto al quale deve essere misurato e calibrato qualsiasi test di indice diagnostico per i virus, per comprendere le proprietà predittive di quel test. Nella coltura virale, i virus vengono iniettati nelle linee cellulari del laboratorio per vedere se causano danni cellulari e morte, rilasciando così tutta una serie di nuovi virus che possono infettare altre cellule.
Abbiamo quindi esaminato le prove degli studi che riportano dati sulla coltura o isolamento virale e sulla reazione a catena della trascrittasi-polimerasi inversa (RT-PCR), per capire di più su come i risultati della PCR riflettono l'infettività.
Colture virali per la valutazione dell'infettività COVID-19. Revisione sistematica. Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan medRxiv 2020.08.04.20167932; doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932
Cosa abbiamo trovato?
Abbiamo cercato studi che riportavano la coltura o l'isolamento di SARS-CoV-2 utilizzando campioni di pazienti con Covid-19.
Abbiamo identificato quattordici studi che sono riusciti a coltivare o osservare l'invasione tissutale da SARS-CoV da vari campioni di pazienti con diagnosi di Covid-19. La qualità di questi studi era moderata con una mancanza di protocolli, metodi standardizzati e rapporti.
I dati sono scarsi su come i risultati della PCR si relazionano ai risultati della coltura virale. Ci sono prove di una relazione tra il tempo dalla raccolta di un campione al test, la gravità dei sintomi e le possibilità che qualcuno sia contagioso.
Uno degli studi che abbiamo trovato ( Bullard et al ) ha esaminato la coltura virale in campioni di un gruppo di pazienti e ha confrontato i risultati con i dati del test PCR e il tempo di insorgenza dei sintomi.
La figura sotto riportata in Bullard mostra come la probabilità di virus infettivo SARS-CoV-2 è maggiore (le barre rosse) quando la soglia del ciclo è inferiore (la linea blu) e quando i sintomi per testare il tempo è più breve - oltre 8 giorni, no è stato rilevato un virus vivo.
Diffusione del virus infettivo in pazienti ospedalizzati con malattia da coronavirus-2019 (COVID-19): durata e determinanti chiave medRxiv 2020.06.08.20125310.
Kampen e colleghi hanno studiato la diffusione del virus infettivo in 129 pazienti ospedalizzati con COVID-19. La durata della diffusione del virus infettivo variava da 0 a 20 giorni dopo l'insorgenza dei sintomi e la probabilità di rilevare virus infettivi è scesa al di sotto del 5% dopo 15 giorni dall'insorgenza dei sintomi. Riferiscono anche che la quantità di virus è associata alla rilevazione di SARS-CoV-2 infettiva e una volta che gli anticorpi neutralizzanti vengono rilevati nel siero, il virus diventa non infettivo.
Quando i campioni sono stati prelevati sembrava importante per la coltura virale. In un caso clinico, SARS-CoV-2 RT-PCR ha continuato a rilevare il virus fino al 63 ° giorno dopo l'insorgenza dei sintomi, mentre il virus poteva essere isolato solo da campioni respiratori raccolti entro i primi 18 giorni. In una coorte di 59 pazienti, la secrezione fecale era più lunga dopo l'interruzione della diffusione respiratoria. Gupta et al. w15 ha riportato che la durata della diffusione fecale dell'RNA virale dopo l'eliminazione dei campioni respiratori variava da 1 a 33 giorni e in un paziente era fino a 47 giorni dall'esordio dei sintomi.
Non è stato possibile effettuare una valutazione quantitativa precisa dell'associazione tra i risultati della RT-PCR e il tasso di successo della coltura virale all'interno di questi studi. Questi studi non sono stati adeguatamente dimensionati né eseguiti in modo sufficientemente standardizzato e possono essere soggetti a errori di segnalazione.
Inoltre, il contesto è importante. Il livello di soglia del ciclo per il rilevamento di virus vivi varia in base all'impostazione (ospedale vs. comunità); a seconda della gravità dei sintomi e della durata dei sintomi, nonché della qualità del test. Le soglie di ciclo sono i tempi in cui il test di amplificazione deve essere ripetuto per ottenere un risultato positivo. Maggiore è la concentrazione virale, minori sono i cicli di amplificazione necessari.
Perché la soglia del ciclo è importante?
RT-PCR utilizza un enzima chiamato trascrittasi inversa per modificare un pezzo specifico di RNA in un pezzo di DNA corrispondente. La PCR quindi amplifica il DNA in modo esponenziale, raddoppiando ripetutamente il numero di molecole. Un segnale fluorescente può essere attaccato alle copie del DNA e un test è considerato positivo quando il segnale fluorescente è sufficientemente amplificato per essere rilevabile.
La soglia del ciclo (indicata come valore Ct) è il numero di cicli di amplificazione necessari affinché il segnale fluorescente superi una certa soglia. Ciò consente di amplificare e rilevare campioni molto piccoli di RNA.
Più basso è il livello di soglia del ciclo, maggiore è la quantità di RNA (materiale genetico) presente nel campione. Maggiore è il numero di cicli, minore è la quantità di RNA nel campione.
Cosa significa questo?
Questo problema di rilevamento è onnipresente per il rilevamento di virus a RNA. SARS-CoV, MERS, Influenza Ebola e Zika viral RNA possono essere rilevati molto tempo dopo la scomparsa del virus infettivo.
Il sistema immunitario lavora per neutralizzare il virus e prevenire ulteriori infezioni. Sebbene uno stadio infettivo possa durare circa una settimana, poiché l'RNA inattivato si degrada lentamente nel tempo, può ancora essere rilevato molte settimane dopo la scomparsa dell'infezione.
Il rilevamento dei virus mediante PCR è utile fintanto che se ne comprendono i limiti; sebbene rilevi l'RNA in quantità minime, è necessario prestare attenzione ai risultati poiché spesso non rileva virus infettivi.
Cosa possiamo concludere?
Questi studi hanno fornito dati limitati di qualità variabile che è improbabile che i risultati della PCR di per sé possano prevedere la coltura virale da campioni umani. Potrebbe essere stata prestata un'attenzione insufficiente al modo in cui i risultati della PCR si riferiscono alla malattia. La relazione con l'infettività non è chiara e sono necessari ulteriori dati su questo.
Se questo non viene compreso, i risultati della PCR possono portare a restrizioni per grandi gruppi di persone che non presentano un rischio di infezione.
I risultati indicano che dovrebbero essere usati i cut-off del carico di RNA virale: per capire chi è contagioso, l'entità di qualsiasi epidemia e per controllare la trasmissione.
Fonte
https://www.cebm.net/covid-19/infectious-positive-pcr-test-result-covid-19/
